NEW YORK: Um die Reise des Coronavirus von einer Person zu einer anderen Person besser zu verstehen, hat ein Team von 50 Wissenschaftlern zum ersten Mal eine atomare Simulation des Coronavirus erstellt, eingebettet in einen winzigen Wassertropfen in der Luft.
Um das Modell zu erstellen, benötigten die Forscher einen der größten Supercomputer der Welt, um 1,3 Milliarden Atome zusammenzubauen und alle ihre Bewegungen auf weniger als eine Millionstelsekunde genau zu verfolgen. Dieser rechnerische Kraftakt bietet einen beispiellosen Einblick in die Art und Weise, wie das Virus im Freien überlebt, während es sich auf einen neuen Wirt ausbreitet.
„Ein Virus in einen Tropfen Wasser zu geben, war noch nie zuvor gemacht worden“, sagte Rommie Amaro, ein Biologe an der University of California San Diego, der die Bemühungen leitete, die auf der International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analyse letzten Monat gezeigt wurde. „Die Leute haben buchstäblich noch nie gesehen, wie das aussieht“, sagte er.
Wie sich das Coronavirus durch die Luft ausbreitet, wurde zu Beginn der Pandemie heftig diskutiert. Viele Wissenschaftler vertraten die traditionelle Ansicht, dass der größte Teil der Übertragung des Virus durch größere Tropfen ermöglicht wurde, die oft beim Husten und Niesen produziert werden und die normalerweise nur wenige Meter zurücklegen, bevor sie wieder auf den Boden fallen.
Aber epidemiologische Studien zeigten, dass Menschen mit Covid-19 andere in viel größerer Entfernung anstecken können: Allein das Gespräch in einem schlecht belüfteten Raum wie in einer Bar, Kirche oder einem Klassenzimmer reichte aus, um das Virus zu verbreiten. Diese Ergebnisse deuteten auf viel kleinere Tropfen, die als Aerosole bezeichnet werden, als wichtige Infektionsträger hin.
Wissenschaftler definieren Tröpfchen mit einem Durchmesser von mehr als 100 Mikrometern oder etwa viertausendstel Zoll. Aerosole sind kleiner – in manchen Fällen so klein, dass nur ein einziger Virus hineinpasst. Und dank ihrer winzigen Größe können Aerosole stundenlang in der Luft schweben.
Die Viren können in Aerosolen jedoch nicht ewig überleben. Forscher stellen oft fest, dass aus der Luft gesammelte Viren so beschädigt sind, dass sie Zellen nicht mehr infizieren können. Es ist möglich, dass die Luft beim Verdampfen der Aerosole die Molekülstruktur des Virus zerstört. Oder die Chemie in dem winzigen Tropfen könnte zu feindselig werden, als dass sie überleben könnten.
„Zu diesem Zeitpunkt verstehen wir nicht, wie das passiert“, sagte Linsey Marr, eine Professorin für Bau- und Umweltingenieurwesen an der Virginia Tech, die nicht an der neuen Studie beteiligt war. Mikroskope, die detaillierte Bilder von dem, was in einem virusbeladenen Aerosol vor sich geht, aufnehmen können, müssen noch erfunden werden.
Im März 2020 entschieden Amaro und ihre Kollegen, dass der beste Weg, diese Blackbox zu öffnen, darin besteht, ein eigenes virusbeladenes Aerosol zu bauen. Die Forscher erstellten zunächst ein Modell des Coronavirus, bekannt als SARS-CoV-2, aus 300 Millionen virtuellen Atomen.
Sie haben Tausende von Fettsäuremolekülen zu einer Membranhülle kombiniert und dann Hunderte von Proteinen darin untergebracht. Einige dieser Proteine sind wichtig, weil sie die Membrane intakt halten.
Andere, sogenannte Spike Proteine, bilden blütenartige Strukturen, die weit über die Oberfläche des Virus hinausragen. Die Spitzen der Stacheln klappen manchmal spontan auf, sodass sich das Virus an einer Wirtszelle festsetzen und eindringen kann.
Nachdem sie ihr Virus aufgebaut hatten, stellten Amaro und ihre Kollegen ein Aerosol her, um es einzubringen. Aus einer Milliarde Atomen erzeugten sie ein virtuelles Aerosol mit einem Durchmesser von einem Viertel Mikrometer, weniger als einem Hundertstel der Breite einer menschlichen Haarsträhne.
Die Forscher konnten das Aerosol jedoch nicht als reinen Wassertropfen simulieren. Wenn sich ein Aerosol aus der Flüssigkeit in unserer Lunge löst, bringt es einen Eintopf anderer Moleküle aus unserem Körper mit. Dieser Eintopf enthält Mucine: lange, mit Zucker übersäte Proteine aus der Lungenschleimhaut.
Aerosole enthalten auch Moleküle, sogenannte Tenside, die verhindern, dass die empfindlichen Zweige unserer Atemwege zusammenkleben. Geladene Atome wie Kalzium und Magnesium fliegen um das Aerosol herum und üben starke Kräfte auf die Moleküle aus, denen sie begegnen.
Nachdem das Virus in ein Aerosol geladen wurde, standen die Wissenschaftler vor der größten Herausforderung des Projekts: Den Tropfen zum Leben zu erwecken. Amaro und ihre Kollegen berechneten die Kräfte, die über das gesamte Aerosol hinweg wirken, und berücksichtigten dabei die Kollisionen zwischen den Atomen sowie das von ihren Ladungen erzeugte elektrische Feld.
Sie bestimmten, wo sich jedes Atom vier Millionstel einer Milliardstel Sekunde später befinden würde. Um diese umfangreichen Berechnungen durchführen zu können, mussten die Forscher den Summit Supercomputer des Oak Ridge National Laboratory in Tennessee übernehmen, den zweitstärksten Supercomputer der Welt.
– Mucin-Schild –
Da die Maschine sehr gefragt war, konnten sie ihre Simulation nur wenige Male ausführen.
Eine grafische Simulation des „Biostoppers“, einem Gerät, das lokale Luftströmungen erzeugt, die darauf abzielen, die Zirkulation winziger Tröpfchen zu stoppen, die beim Sprechen ausgestoßen werden. Erfunden vom pensionierten Fiat Ingenieur Mario Palazzetti, der glaubt, dass es die Ausbreitung der Coronavirus Krankheit verhindern könnte. (Undatiertes Handout: Mario Palazzetti/ Reuters)
„Wir haben nur so viele Schüsse, um zu sehen, ob wir dieses Ding tatsächlich zum Fliegen bringen“, sagte Amaro. Der erste Lauf war eine Katastrophe. Winzige Fehler in ihrem Modell führten dazu, dass die virtuellen Atome ineinander krachten und das Aerosol augenblicklich zerplatzte.
„Es explodiert im Grunde“, sagte Amaro. Nach einem halben Dutzend Anpassungsrunden wurde das Aerosol stabil. Die Forscher führten die Berechnungen noch einmal durch, um einen Moment später zu sehen, was im Aerosol passierte. Alles in allem erstellten sie Millionen von Einzelbildern eines Films, der die Aktivität des Aerosols für Zehnmilliardstel Sekunden festhielt.
„Molekulare Modellierung ist zwar keine neue Sache, aber das Ausmaß dieser Entwicklung ist die nächste Stufe“, sagte Brian O’Flynn, ein Postdoktorand am St. Jude Children’s Research Hospital, der nicht an der Studie beteiligt war. Die lebhafte Aktivität, die Amaro und ihre Kollegen miterlebten, lieferte Hinweise darauf, wie die Viren in den Aerosolen überleben.
Die Muzine zum Beispiel wanderten nicht nur müßig um das Aerosol herum. Die negativ geladenen Mucine wurden von den positiv geladenen Spike Proteinen angezogen. Amaro spekulierte, dass die Muzine wie ein Schild wirken. Wenn sich das Virus zu nahe an die Oberfläche des Aerosols bewegt, drücken die Muzine es zurück, damit es nicht der tödlichen Luft ausgesetzt ist.
„Wir denken, dass es sich tatsächlich mit diesen Mucinen bedeckt und das während des Fluges wie eine Schutzschicht wirkt“, sagte Amaro.
Diese Entdeckung könnte helfen zu erklären, wie die Delta Variante so weit verbreitet wurde. Die Spike-Proteine von Delta haben eine positivere Ladung als die früherer Formen des Coronavirus. Infolgedessen drängen sich die Muzine enger um sie herum. Diese Anziehung könnte die Mucine möglicherweise zu einem besseren Schild machen.
Hin und wieder klappte eines der simulierten Coronaviren ein Spike Protein auf, was die Wissenschaftler überraschte. „Die Delta Variante öffnet sich viel leichter als die ursprüngliche Sorte, die wir simuliert hatten“, sagte Amaro.
Sobald ein Coronavirus in die Nase oder Lunge einer Person eindringt, kann die weite Öffnung des Delta Spikes die Infektion einer Zelle verbessern. Aber Amaro vermutet, dass es für ein Coronavirus schlecht ist, ein Spike Protein zu öffnen, wenn es sich noch in einem Aerosol befindet, vielleicht Stunden davon entfernt, einen neuen Wirt zu infizieren.
„Wenn es zu früh öffnet, könnte es einfach auseinanderfallen“, sagte Amaro. Einige der Moleküle, die in Aerosolen reichlich vorhanden sind, könnten in der Lage sein, den Dorn für die Reise zu schließen, sagte sie. „Bestimmte Lungensurfactants können in eine Tasche auf der Oberfläche des Spike Proteins passen und verhindern, dass es aufschwingt“, sagte sie weiter.
– Zeitlupensimulation –
Um diese Idee zu testen und andere zu erforschen, dehnen Amaro und ihre Kollegen den Zeitrahmen ihrer Simulation 100 Mal aus, von zehn Milliardstelsekunden auf eine Millionstelsekunde. Sie werden auch untersuchen, wie der Säuregehalt in einem Aerosol und die Feuchtigkeit der umgebenden Luft das Virus verändern können.
Amaro und ihre Kollegen planen, als nächstes eine Omicron Variante zu bauen und zu beobachten, wie sie sich in einem Aerosol verhält. Sie wollen warten, bis Strukturbiologen die dreidimensionale Form seiner Spike Proteine herausgefunden haben, bevor sie loslegen. Aber wenn man sich die ersten Erkenntnisse zu omicron ansieht, sieht Amaro bereits eine wichtige Eigenschaft: „Es ist noch positiver aufgeladen“, sagte sie.
Da die Spike Proteine von Omicron noch positiver geladen sind als die von Delta, können sie in den Aerosolen einen besseren Schleimschutz bilden. Und das kann dazu beitragen, dass es noch übertragbarer wird.
Marr sagte, die Simulation könnte es den Wissenschaftlern schließlich ermöglichen, die Bedrohung durch zukünftige Pandemien vorherzusagen. Sie könnten Atommodelle neu entdeckter Viren bauen und sie in Aerosole verpacken, um ihr Verhalten genau zu beobachten.
„Dies hat Auswirkungen auf das Verständnis neuer Viren, von denen wir noch nichts wissen“, sagte Marr. „Es ist noch ein langer Weg dorthin“, sagte sie, „aber das ist definitiv ein großer erster Schritt.“
Dieser Artikel erschien ursprünglich in der New York Times.
- Quelle: Bangkok Post, New York Times